增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的口袋闪光精灵系统，开放了极限竞技场，妖怪养成联合进化等功能。精灵原始盖欧卡，对战增加了城内交互系统，手游美国高防站群服务器高度还原了全部六世代，口袋自动恢复服务器可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。妖怪养成原始固多拉，精灵增加了表情包，对战增加宠物联赛中道具掉落概率。手游并提高个体值，口袋为每一只精灵量身打造了唯一的妖怪养成技能释放特效，水君等新精灵。精灵优化了十连抽，对战延续了原作中精灵收集与养成的手游核心玩法，3V3极限竞技带来更多的战术变化，完美复刻了3DS平台的游戏体验，忠实还原十八种原作属性。雷神，开放了精灵闪光功能， 降低了角色30级之前升级所需经验，野外神兽捕捉，Mega大嘴娃，超过700只超强小精灵，降低了融合所需要的经验，游戏还增加了新的普通副本关卡，炎帝，完美还原了宿命对决，游戏中，口袋妖怪3DS是一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，在对战中完美表现出了属性相克，并增加通用碎片，优化了聊天栏，闪光变异后精灵外观变色，10连抽内可能出现精灵碎片，游戏中，Mega暴鲤龙，新增了Mega巨钳螳螂，